ผลงานอนิเมะที่โด่งดังที่สุดของเขา คือเรื่อง your name. หลับตาฝัน ถึงชื่อเธอ (Kimi no Na wa) ที่ออกฉายในปี พ.ศ. 2559

ผลงานหนังสือการ์ตูนมังงะ ฉบับภาษาไทย มีดังต่อไปนี้

• เธอและแมวของเธอ เล่ม 1

• your name. เธอคือ... (Kimi no Na wa) เล่ม 1 - 3

ผลงานหนังสือนิยาย - ไลท์โนเวล ฉบับภาษาไทย มีดังต่อไปนี้

• your name. เธอคือ... (Kimi no Na wa)
• your name. Another Side: Earthbound : หนังสือนิยายภาคพิเศษที่รวบรวม 4 เรื่องสั้นจาก 4 มุมมองของตัวละครเจาะลึกจักรวาล your name.
• Weathering With You ฤดูฝัน ฉันมีเธอ (Tenki no Ko)

นอกจากนี้ มาโคโตะ ชินไค ยังเคยสร้างผลงานโฆษณาแอนิเมชันความยาว 120 วินาทีให้แก่ Z-kai (โรงเรียนกวดวิชาทางไกล) ซึ่งเป็นที่พูดถึงกันอย่างมากในญี่ปุ่น และนำไปสู่การต่อยอดขยายเรื่องราวจนเกิดเป็นหนังสือนิยาย - ไลท์โนเวลเรื่อง Cross Road in their cases ครอสโรด โดยนารุโตะ คิริยามะ ในเวลาต่อมา